François Perroux a été nommé le 9 juin 1942 directeur du Département VI, département des enquêtes économiques, sociales, financières et juridiques (devenu Département de bio-sociologie) de la Fondation française pour l'étude des problèmes humains (dite Fondation Carrel).

Il a été nommé Secrétaire général de la Fondation le 1er septembre 1942.

Il a démissionné de ses fonctions le 4 décembre 1943.

Les archives accordent une place importante à cette démission dans une série de dossiers intitulés "Affaire Fondation".